galaxy.tool_util package

Subpackages

• galaxy.tool_util.biotools package
  • Submodules
  • galaxy.tool_util.biotools.interface module
    • ParsedBiotoolsEntry
      • ParsedBiotoolsEntry.biotoolsID
      • ParsedBiotoolsEntry.edam_topics
      • ParsedBiotoolsEntry.edam_operations
    • BiotoolsEntry
      • BiotoolsEntry.biotoolsID
      • BiotoolsEntry.topic
      • BiotoolsEntry.function
      • BiotoolsEntry.from_json()
      • BiotoolsEntry.edam_info
    • simplify_edam_dicts()
    • simplify_edam_dict()
  • galaxy.tool_util.biotools.source module
• galaxy.tool_util.client package
  • Submodules
  • galaxy.tool_util.client.staging module
• galaxy.tool_util.cwl package
  • Submodules
  • galaxy.tool_util.cwl.cwltool_deps module
    • ensure_cwltool_available()
    • needs_shell_quoting()
  • galaxy.tool_util.cwl.parser module
  • galaxy.tool_util.cwl.representation module
  • galaxy.tool_util.cwl.runnable module
  • galaxy.tool_util.cwl.runtime_actions module
  • galaxy.tool_util.cwl.schema module
  • galaxy.tool_util.cwl.util module
• galaxy.tool_util.deps package
  • Subpackages
    • galaxy.tool_util.deps.container_resolvers package
      • Submodules
      • galaxy.tool_util.deps.container_resolvers.explicit module
      • galaxy.tool_util.deps.container_resolvers.mulled module
    • galaxy.tool_util.deps.mulled package
      • Submodules
      • galaxy.tool_util.deps.mulled.get_tests module
      • galaxy.tool_util.deps.mulled.mulled_build module
      • galaxy.tool_util.deps.mulled.mulled_build_channel module
      • galaxy.tool_util.deps.mulled.mulled_build_files module
      • galaxy.tool_util.deps.mulled.mulled_build_tool module
      • galaxy.tool_util.deps.mulled.mulled_hash module
      • galaxy.tool_util.deps.mulled.mulled_list module
      • galaxy.tool_util.deps.mulled.mulled_search module
      • galaxy.tool_util.deps.mulled.mulled_update_singularity_containers module
      • galaxy.tool_util.deps.mulled.util module
    • galaxy.tool_util.deps.resolvers package
      • Submodules
      • galaxy.tool_util.deps.resolvers.brewed_tool_shed_packages module
      • galaxy.tool_util.deps.resolvers.conda module
      • galaxy.tool_util.deps.resolvers.galaxy_packages module
      • galaxy.tool_util.deps.resolvers.homebrew module
      • galaxy.tool_util.deps.resolvers.lmod module
      • galaxy.tool_util.deps.resolvers.modules module
      • galaxy.tool_util.deps.resolvers.resolver_mixins module
      • galaxy.tool_util.deps.resolvers.tool_shed_packages module
      • galaxy.tool_util.deps.resolvers.unlinked_tool_shed_packages module
  • Submodules
  • galaxy.tool_util.deps.brew_exts module
  • galaxy.tool_util.deps.brew_util module
  • galaxy.tool_util.deps.commands module
  • galaxy.tool_util.deps.conda_compat module
  • galaxy.tool_util.deps.conda_util module
  • galaxy.tool_util.deps.container_classes module
  • galaxy.tool_util.deps.container_volumes module
  • galaxy.tool_util.deps.containers module
  • galaxy.tool_util.deps.dependencies module
  • galaxy.tool_util.deps.docker_util module
  • galaxy.tool_util.deps.dockerfiles module
  • galaxy.tool_util.deps.installable module
  • galaxy.tool_util.deps.requirements module
  • galaxy.tool_util.deps.singularity_util module
  • galaxy.tool_util.deps.views module
• galaxy.tool_util.linters package
  • Submodules
  • galaxy.tool_util.linters.citations module
    • lint_citations()
  • galaxy.tool_util.linters.command module
    • lint_command()
    • get_command()
  • galaxy.tool_util.linters.cwl module
  • galaxy.tool_util.linters.general module
    • lint_general()
  • galaxy.tool_util.linters.help module
  • galaxy.tool_util.linters.inputs module
  • galaxy.tool_util.linters.outputs module
  • galaxy.tool_util.linters.stdio module
  • galaxy.tool_util.linters.tests module
  • galaxy.tool_util.linters.xml_order module
    • lint_xml_order()
• galaxy.tool_util.locations package
  • ToolLocationResolver
    • ToolLocationResolver.scheme
    • ToolLocationResolver.get_tool_source_path()
  • Submodules
  • galaxy.tool_util.locations.dockstore module
  • galaxy.tool_util.locations.file module
    • HttpToolResolver
      • HttpToolResolver.scheme
      • HttpToolResolver.get_tool_source_path()
  • galaxy.tool_util.locations.http module
• galaxy.tool_util.ontologies package
  • Submodules
  • galaxy.tool_util.ontologies.ontology_data module
• galaxy.tool_util.parser package
  • Submodules
  • galaxy.tool_util.parser.cwl module
  • galaxy.tool_util.parser.factory module
  • galaxy.tool_util.parser.interface module
  • galaxy.tool_util.parser.output_actions module
  • galaxy.tool_util.parser.output_collection_def module
  • galaxy.tool_util.parser.output_objects module
  • galaxy.tool_util.parser.stdio module
  • galaxy.tool_util.parser.util module
  • galaxy.tool_util.parser.xml module
  • galaxy.tool_util.parser.yaml module
• galaxy.tool_util.toolbox package
  • Subpackages
    • galaxy.tool_util.toolbox.filters package
    • galaxy.tool_util.toolbox.lineages package
      • Submodules
      • galaxy.tool_util.toolbox.lineages.factory module
      • galaxy.tool_util.toolbox.lineages.interface module
    • galaxy.tool_util.toolbox.views package
      • Submodules
      • galaxy.tool_util.toolbox.views.definitions module
      • galaxy.tool_util.toolbox.views.edam module
      • galaxy.tool_util.toolbox.views.interface module
      • galaxy.tool_util.toolbox.views.sources module
      • galaxy.tool_util.toolbox.views.static module
  • Submodules
  • galaxy.tool_util.toolbox.base module
  • galaxy.tool_util.toolbox.integrated_panel module
  • galaxy.tool_util.toolbox.panel module
  • galaxy.tool_util.toolbox.parser module
  • galaxy.tool_util.toolbox.tags module
  • galaxy.tool_util.toolbox.watcher module
• galaxy.tool_util.unittest_utils package
  • mock_trans()
  • t_data_downloader_for()
  • Submodules
  • galaxy.tool_util.unittest_utils.sample_data module
• galaxy.tool_util.verify package
  • Subpackages
    • galaxy.tool_util.verify.asserts package
      • Submodules
      • galaxy.tool_util.verify.asserts.archive module
      • galaxy.tool_util.verify.asserts.hdf5 module
      • galaxy.tool_util.verify.asserts.size module
      • galaxy.tool_util.verify.asserts.tabular module
      • galaxy.tool_util.verify.asserts.text module
      • galaxy.tool_util.verify.asserts.xml module
  • Submodules
  • galaxy.tool_util.verify.interactor module
  • galaxy.tool_util.verify.script module
  • galaxy.tool_util.verify.test_data module
  • galaxy.tool_util.verify.wait module

Submodules

galaxy.tool_util.edam_util module

galaxy.tool_util.edam_util.load_edam_tree(path: str | None = None, *included_terms: str)

galaxy.tool_util.fetcher module

galaxy.tool_util.lint module

galaxy.tool_util.loader module

galaxy.tool_util.loader_directory module

galaxy.tool_util.output_checker module

galaxy.tool_util.provided_metadata module