galaxy package

Galaxy root package – this is a namespace package.

Subpackages

• galaxy.actions package
  • Submodules
  • galaxy.actions.library module
• galaxy.app_unittest_utils package
  • Submodules
  • galaxy.app_unittest_utils.galaxy_mock module
  • galaxy.app_unittest_utils.tools_support module
• galaxy.auth package
  • Subpackages
    • galaxy.auth.providers package
      • AuthProvider
      • Submodules
      • galaxy.auth.providers.alwaysreject module
      • galaxy.auth.providers.ldap_ad module
      • galaxy.auth.providers.localdb module
      • galaxy.auth.providers.pam_auth module
  • Submodules
  • galaxy.auth.util module
• galaxy.authnz package
  • IdentityProvider
    • IdentityProvider.__init__()
    • IdentityProvider.refresh()
    • IdentityProvider.authenticate()
    • IdentityProvider.callback()
    • IdentityProvider.disconnect()
    • IdentityProvider.logout()
  • Submodules
  • galaxy.authnz.custos_authnz module
  • galaxy.authnz.managers module
  • galaxy.authnz.psa_authnz module
• galaxy.celery package
  • Submodules
  • galaxy.celery.tasks module
• galaxy.config package
  • Submodules
  • galaxy.config.config_manage module
  • galaxy.config.schema module
  • galaxy.config.script module
• galaxy.datatypes package
  • Subpackages
    • galaxy.datatypes.converters package
      • Submodules
      • galaxy.datatypes.converters.bed_to_gff_converter module
      • galaxy.datatypes.converters.bgzip module
      • galaxy.datatypes.converters.cram_to_bam module
      • galaxy.datatypes.converters.fasta_to_len module
      • galaxy.datatypes.converters.fasta_to_tabular_converter module
      • galaxy.datatypes.converters.fastq_to_fqtoc module
      • galaxy.datatypes.converters.fastqsolexa_to_fasta_converter module
      • galaxy.datatypes.converters.fastqsolexa_to_qual_converter module
      • galaxy.datatypes.converters.gff_to_bed_converter module
      • galaxy.datatypes.converters.gff_to_interval_index_converter module
      • galaxy.datatypes.converters.interval_to_bed_converter module
      • galaxy.datatypes.converters.interval_to_bedstrict_converter module
      • galaxy.datatypes.converters.interval_to_fli module
      • galaxy.datatypes.converters.interval_to_interval_index_converter module
      • galaxy.datatypes.converters.interval_to_tabix_converter module
      • galaxy.datatypes.converters.lped_to_fped_converter module
      • galaxy.datatypes.converters.lped_to_pbed_converter module
      • galaxy.datatypes.converters.maf_to_fasta_converter module
      • galaxy.datatypes.converters.maf_to_interval_converter module
      • galaxy.datatypes.converters.parquet_to_csv_converter module
      • galaxy.datatypes.converters.pbed_ldreduced_converter module
      • galaxy.datatypes.converters.pbed_to_lped_converter module
      • galaxy.datatypes.converters.picard_interval_list_to_bed6_converter module
      • galaxy.datatypes.converters.pileup_to_interval_index_converter module
      • galaxy.datatypes.converters.ref_to_seq_taxonomy_converter module
      • galaxy.datatypes.converters.tabular_csv module
      • galaxy.datatypes.converters.tabular_to_dbnsfp module
      • galaxy.datatypes.converters.vcf_to_interval_index_converter module
      • galaxy.datatypes.converters.vcf_to_vcf_bgzip module
      • galaxy.datatypes.converters.wiggle_to_simple_converter module
    • galaxy.datatypes.dataproviders package
      • Submodules
      • galaxy.datatypes.dataproviders.base module
      • galaxy.datatypes.dataproviders.chunk module
      • galaxy.datatypes.dataproviders.column module
      • galaxy.datatypes.dataproviders.dataset module
      • galaxy.datatypes.dataproviders.decorators module
      • galaxy.datatypes.dataproviders.exceptions module
      • galaxy.datatypes.dataproviders.external module
      • galaxy.datatypes.dataproviders.hierarchy module
      • galaxy.datatypes.dataproviders.line module
    • galaxy.datatypes.display_applications package
      • Submodules
      • galaxy.datatypes.display_applications.application module
      • galaxy.datatypes.display_applications.parameters module
      • galaxy.datatypes.display_applications.util module
    • galaxy.datatypes.util package
      • Submodules
      • galaxy.datatypes.util.generic_util module
      • galaxy.datatypes.util.gff_util module
      • galaxy.datatypes.util.maf_utilities module
  • Submodules
  • galaxy.datatypes.annotation module
  • galaxy.datatypes.anvio module
  • galaxy.datatypes.assembly module
  • galaxy.datatypes.binary module
  • galaxy.datatypes.blast module
  • galaxy.datatypes.checkers module
  • galaxy.datatypes.chrominfo module
  • galaxy.datatypes.constructive_solid_geometry module
  • galaxy.datatypes.coverage module
  • galaxy.datatypes.data module
  • galaxy.datatypes.flow module
  • galaxy.datatypes.genetics module
  • galaxy.datatypes.gis module
  • galaxy.datatypes.goldenpath module
  • galaxy.datatypes.graph module
  • galaxy.datatypes.hdf5 module
  • galaxy.datatypes.images module
  • galaxy.datatypes.interval module
  • galaxy.datatypes.isa module
  • galaxy.datatypes.media module
  • galaxy.datatypes.metacyto module
  • galaxy.datatypes.metadata module
  • galaxy.datatypes.microarrays module
  • galaxy.datatypes.molecules module
  • galaxy.datatypes.mothur module
  • galaxy.datatypes.msa module
  • galaxy.datatypes.neo4j module
  • galaxy.datatypes.ngsindex module
  • galaxy.datatypes.phylip module
  • galaxy.datatypes.plant_tribes module
  • galaxy.datatypes.proteomics module
  • galaxy.datatypes.qiime2 module
  • galaxy.datatypes.qualityscore module
  • galaxy.datatypes.registry module
  • galaxy.datatypes.sequence module
  • galaxy.datatypes.sniff module
  • galaxy.datatypes.spaln module
  • galaxy.datatypes.speech module
  • galaxy.datatypes.tabular module
  • galaxy.datatypes.text module
  • galaxy.datatypes.tracks module
  • galaxy.datatypes.triples module
  • galaxy.datatypes.upload_util module
  • galaxy.datatypes.xml module
• galaxy.dependencies package
• galaxy.exceptions package
  • Submodules
  • galaxy.exceptions.error_codes module
• galaxy.files package
  • Subpackages
    • galaxy.files.sources package
      • Submodules
      • galaxy.files.sources.anvil module
      • galaxy.files.sources.basespace module
      • galaxy.files.sources.dropbox module
      • galaxy.files.sources.ftp module
      • galaxy.files.sources.galaxy module
      • galaxy.files.sources.googlecloudstorage module
      • galaxy.files.sources.googledrive module
      • galaxy.files.sources.onedata module
      • galaxy.files.sources.posix module
      • galaxy.files.sources.s3 module
      • galaxy.files.sources.s3fs module
      • galaxy.files.sources.ssh module
      • galaxy.files.sources.webdav module
    • galaxy.files.unittest_utils package
  • Submodules
  • galaxy.files.uris module
• galaxy.forms package
  • Submodules
  • galaxy.forms.forms module
• galaxy.job_execution package
  • Subpackages
    • galaxy.job_execution.actions package
      • Submodules
      • galaxy.job_execution.actions.post module
    • galaxy.job_execution.ports package
      • Submodules
      • galaxy.job_execution.ports.view module
  • Submodules
  • galaxy.job_execution.compute_environment module
  • galaxy.job_execution.datasets module
    • dataset_path_rewrites()
    • DatasetPath
      • DatasetPath.__init__()
      • DatasetPath.with_path_for_job()
    • DatasetPathRewriter
      • DatasetPathRewriter.rewrite_dataset_path()
    • NullDatasetPathRewriter
      • NullDatasetPathRewriter.rewrite_dataset_path()
    • OutputsToWorkingDirectoryPathRewriter
      • OutputsToWorkingDirectoryPathRewriter.__init__()
      • OutputsToWorkingDirectoryPathRewriter.rewrite_dataset_path()
    • TaskPathRewriter
      • TaskPathRewriter.__init__()
      • TaskPathRewriter.rewrite_dataset_path()
    • get_path_rewriter()
  • galaxy.job_execution.output_collect module
  • galaxy.job_execution.setup module
• galaxy.job_metrics package
  • Subpackages
    • galaxy.job_metrics.instrumenters package
      • Submodules
      • galaxy.job_metrics.instrumenters.cgroup module
      • galaxy.job_metrics.instrumenters.core module
      • galaxy.job_metrics.instrumenters.cpuinfo module
      • galaxy.job_metrics.instrumenters.env module
      • galaxy.job_metrics.instrumenters.hostname module
      • galaxy.job_metrics.instrumenters.meminfo module
      • galaxy.job_metrics.instrumenters.uname module
  • Submodules
  • galaxy.job_metrics.formatting module
  • galaxy.job_metrics.safety module
• galaxy.jobs package
  • Subpackages
    • galaxy.jobs.rules package
    • galaxy.jobs.runners package
      • Subpackages
      • Submodules
      • galaxy.jobs.runners.chronos module
      • galaxy.jobs.runners.cli module
      • galaxy.jobs.runners.condor module
      • galaxy.jobs.runners.drmaa module
      • galaxy.jobs.runners.godocker module
      • galaxy.jobs.runners.kubernetes module
      • galaxy.jobs.runners.local module
      • galaxy.jobs.runners.pbs module
      • galaxy.jobs.runners.pulsar module
      • galaxy.jobs.runners.slurm module
      • galaxy.jobs.runners.state_handler_factory module
      • galaxy.jobs.runners.tasks module
      • galaxy.jobs.runners.univa module
    • galaxy.jobs.splitters package
      • Submodules
      • galaxy.jobs.splitters.basic module
      • galaxy.jobs.splitters.multi module
  • Submodules
  • galaxy.jobs.command_factory module
  • galaxy.jobs.dynamic_tool_destination module
  • galaxy.jobs.handler module
  • galaxy.jobs.manager module
  • galaxy.jobs.mapper module
  • galaxy.jobs.rule_helper module
  • galaxy.jobs.stock_rules module
• galaxy.managers package
  • Submodules
  • galaxy.managers.annotatable module
  • galaxy.managers.api_keys module
  • galaxy.managers.base module
  • galaxy.managers.citations module
  • galaxy.managers.cloud module
  • galaxy.managers.cloudauthzs module
  • galaxy.managers.collections module
  • galaxy.managers.collections_util module
  • galaxy.managers.configuration module
  • galaxy.managers.context module
  • galaxy.managers.datasets module
  • galaxy.managers.datatypes module
  • galaxy.managers.deletable module
  • galaxy.managers.display_applications module
  • galaxy.managers.executables module
  • galaxy.managers.folders module
  • galaxy.managers.genomes module
  • galaxy.managers.group_roles module
  • galaxy.managers.group_users module
  • galaxy.managers.groups module
  • galaxy.managers.hdas module
  • galaxy.managers.hdcas module
  • galaxy.managers.histories module
  • galaxy.managers.history_contents module
  • galaxy.managers.interactivetool module
  • galaxy.managers.jobs module
  • galaxy.managers.lddas module
  • galaxy.managers.libraries module
  • galaxy.managers.library_datasets module
  • galaxy.managers.licenses module
  • galaxy.managers.markdown_parse module
    • validate_galaxy_markdown()
  • galaxy.managers.markdown_util module
  • galaxy.managers.metrics module
  • galaxy.managers.model_stores module
  • galaxy.managers.pages module
  • galaxy.managers.quotas module
  • galaxy.managers.ratable module
  • galaxy.managers.rbac_secured module
  • galaxy.managers.remote_files module
  • galaxy.managers.roles module
  • galaxy.managers.secured module
  • galaxy.managers.session module
  • galaxy.managers.sharable module
  • galaxy.managers.taggable module
  • galaxy.managers.tags module
  • galaxy.managers.tool_data module
  • galaxy.managers.tools module
  • galaxy.managers.users module
  • galaxy.managers.visualizations module
  • galaxy.managers.workflows module
• galaxy.metadata package
  • Submodules
  • galaxy.metadata.set_metadata module
• galaxy.model package
  • Subpackages
    • galaxy.model.dataset_collections package
      • Subpackages
      • Submodules
      • galaxy.model.dataset_collections.builder module
      • galaxy.model.dataset_collections.matching module
      • galaxy.model.dataset_collections.registry module
      • galaxy.model.dataset_collections.structure module
      • galaxy.model.dataset_collections.subcollections module
      • galaxy.model.dataset_collections.type_description module
    • galaxy.model.migrations package
      • Submodules
      • galaxy.model.migrations.scripts module
      • galaxy.model.migrations.util module
    • galaxy.model.orm package
      • Submodules
      • galaxy.model.orm.engine_factory module
      • galaxy.model.orm.now module
      • galaxy.model.orm.scripts module
      • galaxy.model.orm.util module
    • galaxy.model.store package
      • Submodules
      • galaxy.model.store.build_objects module
      • galaxy.model.store.discover module
      • galaxy.model.store.load_objects module
    • galaxy.model.tool_shed_install package
      • Submodules
      • galaxy.model.tool_shed_install.mapping module
    • galaxy.model.triggers package
      • Submodules
      • galaxy.model.triggers.history_update_time_field module
      • galaxy.model.triggers.update_audit_table module
      • galaxy.model.triggers.utils module
    • galaxy.model.unittest_utils package
      • Submodules
      • galaxy.model.unittest_utils.data_app module
      • galaxy.model.unittest_utils.store_fixtures module
    • galaxy.model.view package
      • Submodules
      • galaxy.model.view.utils module
  • Submodules
  • galaxy.model.base module
  • galaxy.model.custom_types module
  • galaxy.model.database_heartbeat module
  • galaxy.model.database_utils module
  • galaxy.model.deferred module
  • galaxy.model.index_filter_util module
  • galaxy.model.item_attrs module
  • galaxy.model.mapping module
  • galaxy.model.metadata module
  • galaxy.model.none_like module
  • galaxy.model.scoped_session module
  • galaxy.model.search module
  • galaxy.model.security module
  • galaxy.model.tags module
• galaxy.objectstore package
  • Subpackages
    • galaxy.objectstore.unittest_utils package
  • Submodules
  • galaxy.objectstore.azure_blob module
  • galaxy.objectstore.cloud module
  • galaxy.objectstore.irods module
  • galaxy.objectstore.pithos module
  • galaxy.objectstore.pulsar module
  • galaxy.objectstore.s3 module
  • galaxy.objectstore.s3_multipart_upload module
• galaxy.quota package
• galaxy.schema package
  • Submodules
  • galaxy.schema.fetch_data module
  • galaxy.schema.fields module
  • galaxy.schema.remote_files module
  • galaxy.schema.schema module
  • galaxy.schema.tasks module
  • galaxy.schema.types module
• galaxy.security package
  • Submodules
  • galaxy.security.idencoding module
  • galaxy.security.object_wrapper module
  • galaxy.security.passwords module
  • galaxy.security.ssh_util module
  • galaxy.security.validate_user_input module
  • galaxy.security.vault module
• galaxy.selenium package
  • Subpackages
    • galaxy.selenium.scripts package
      • Submodules
      • galaxy.selenium.scripts.dump_tour module
    • galaxy.selenium.toolbox package
      • Submodules
      • galaxy.selenium.toolbox.filters module
  • Submodules
  • galaxy.selenium.cli module
  • galaxy.selenium.components module
  • galaxy.selenium.context module
  • galaxy.selenium.data module
  • galaxy.selenium.driver_factory module
  • galaxy.selenium.has_driver module
  • galaxy.selenium.jupyter_context module
  • galaxy.selenium.navigates_galaxy module
  • galaxy.selenium.sizzle module
  • galaxy.selenium.smart_components module
• galaxy.tool_shed package
  • Subpackages
    • galaxy.tool_shed.galaxy_install package
      • Subpackages
      • Submodules
      • galaxy.tool_shed.galaxy_install.install_manager module
      • galaxy.tool_shed.galaxy_install.installed_repository_manager module
      • galaxy.tool_shed.galaxy_install.update_repository_manager module
    • galaxy.tool_shed.metadata package
      • Submodules
      • galaxy.tool_shed.metadata.metadata_generator module
    • galaxy.tool_shed.tools package
      • Submodules
      • galaxy.tool_shed.tools.data_table_manager module
      • galaxy.tool_shed.tools.tool_validator module
    • galaxy.tool_shed.util package
      • Submodules
      • galaxy.tool_shed.util.basic_util module
      • galaxy.tool_shed.util.container_util module
      • galaxy.tool_shed.util.hg_util module
      • galaxy.tool_shed.util.metadata_util module
      • galaxy.tool_shed.util.repository_util module
      • galaxy.tool_shed.util.shed_util_common module
      • galaxy.tool_shed.util.tool_dependency_util module
      • galaxy.tool_shed.util.tool_util module
  • Submodules
  • galaxy.tool_shed.repository_type module
  • galaxy.tool_shed.tool_shed_registry module
• galaxy.tool_util package
  • Subpackages
    • galaxy.tool_util.biotools package
      • Submodules
      • galaxy.tool_util.biotools.interface module
      • galaxy.tool_util.biotools.source module
    • galaxy.tool_util.client package
      • Submodules
      • galaxy.tool_util.client.staging module
    • galaxy.tool_util.cwl package
      • Submodules
      • galaxy.tool_util.cwl.cwltool_deps module
      • galaxy.tool_util.cwl.parser module
      • galaxy.tool_util.cwl.representation module
      • galaxy.tool_util.cwl.runnable module
      • galaxy.tool_util.cwl.runtime_actions module
      • galaxy.tool_util.cwl.schema module
      • galaxy.tool_util.cwl.util module
    • galaxy.tool_util.deps package
      • Subpackages
      • Submodules
      • galaxy.tool_util.deps.brew_exts module
      • galaxy.tool_util.deps.brew_util module
      • galaxy.tool_util.deps.commands module
      • galaxy.tool_util.deps.conda_compat module
      • galaxy.tool_util.deps.conda_util module
      • galaxy.tool_util.deps.container_classes module
      • galaxy.tool_util.deps.container_volumes module
      • galaxy.tool_util.deps.containers module
      • galaxy.tool_util.deps.dependencies module
      • galaxy.tool_util.deps.docker_util module
      • galaxy.tool_util.deps.dockerfiles module
      • galaxy.tool_util.deps.installable module
      • galaxy.tool_util.deps.requirements module
      • galaxy.tool_util.deps.singularity_util module
      • galaxy.tool_util.deps.views module
    • galaxy.tool_util.linters package
      • Submodules
      • galaxy.tool_util.linters.citations module
      • galaxy.tool_util.linters.command module
      • galaxy.tool_util.linters.cwl module
      • galaxy.tool_util.linters.general module
      • galaxy.tool_util.linters.help module
      • galaxy.tool_util.linters.inputs module
      • galaxy.tool_util.linters.outputs module
      • galaxy.tool_util.linters.stdio module
      • galaxy.tool_util.linters.tests module
      • galaxy.tool_util.linters.xml_order module
    • galaxy.tool_util.locations package
      • ToolLocationResolver
      • Submodules
      • galaxy.tool_util.locations.dockstore module
      • galaxy.tool_util.locations.file module
      • galaxy.tool_util.locations.http module
    • galaxy.tool_util.ontologies package
      • Submodules
      • galaxy.tool_util.ontologies.ontology_data module
    • galaxy.tool_util.parser package
      • Submodules
      • galaxy.tool_util.parser.cwl module
      • galaxy.tool_util.parser.factory module
      • galaxy.tool_util.parser.interface module
      • galaxy.tool_util.parser.output_actions module
      • galaxy.tool_util.parser.output_collection_def module
      • galaxy.tool_util.parser.output_objects module
      • galaxy.tool_util.parser.stdio module
      • galaxy.tool_util.parser.util module
      • galaxy.tool_util.parser.xml module
      • galaxy.tool_util.parser.yaml module
    • galaxy.tool_util.toolbox package
      • Subpackages
      • Submodules
      • galaxy.tool_util.toolbox.base module
      • galaxy.tool_util.toolbox.integrated_panel module
      • galaxy.tool_util.toolbox.panel module
      • galaxy.tool_util.toolbox.parser module
      • galaxy.tool_util.toolbox.tags module
      • galaxy.tool_util.toolbox.watcher module
    • galaxy.tool_util.unittest_utils package
      • mock_trans()
      • t_data_downloader_for()
      • Submodules
      • galaxy.tool_util.unittest_utils.sample_data module
    • galaxy.tool_util.verify package
      • Subpackages
      • Submodules
      • galaxy.tool_util.verify.interactor module
      • galaxy.tool_util.verify.script module
      • galaxy.tool_util.verify.test_data module
      • galaxy.tool_util.verify.wait module
  • Submodules
  • galaxy.tool_util.edam_util module
    • load_edam_tree()
  • galaxy.tool_util.fetcher module
  • galaxy.tool_util.lint module
  • galaxy.tool_util.loader module
  • galaxy.tool_util.loader_directory module
  • galaxy.tool_util.output_checker module
  • galaxy.tool_util.provided_metadata module
• galaxy.tools package
  • Subpackages
    • galaxy.tools.actions package
      • Submodules
      • galaxy.tools.actions.data_manager module
      • galaxy.tools.actions.data_source module
      • galaxy.tools.actions.history_imp_exp module
      • galaxy.tools.actions.metadata module
      • galaxy.tools.actions.model_operations module
      • galaxy.tools.actions.upload module
      • galaxy.tools.actions.upload_common module
    • galaxy.tools.data package
    • galaxy.tools.data_manager package
      • Submodules
      • galaxy.tools.data_manager.manager module
    • galaxy.tools.error_reports package
      • Subpackages
    • galaxy.tools.expressions package
      • Submodules
      • galaxy.tools.expressions.evaluation module
      • galaxy.tools.expressions.script module
      • galaxy.tools.expressions.util module
    • galaxy.tools.filters package
    • galaxy.tools.imp_exp package
      • Submodules
      • galaxy.tools.imp_exp.export_history module
      • galaxy.tools.imp_exp.unpack_tar_gz_archive module
    • galaxy.tools.parameters package
      • Submodules
      • galaxy.tools.parameters.basic module
      • galaxy.tools.parameters.dataset_matcher module
      • galaxy.tools.parameters.dynamic_options module
      • galaxy.tools.parameters.grouping module
      • galaxy.tools.parameters.history_query module
      • galaxy.tools.parameters.input_translation module
      • galaxy.tools.parameters.meta module
      • galaxy.tools.parameters.sanitize module
      • galaxy.tools.parameters.validation module
      • galaxy.tools.parameters.wrapped module
      • galaxy.tools.parameters.wrapped_json module
    • galaxy.tools.search package
    • galaxy.tools.util package
      • Subpackages
      • Submodules
      • galaxy.tools.util.maf_utilities module
  • Submodules
  • galaxy.tools.biotools module
  • galaxy.tools.cache module
  • galaxy.tools.data_fetch module
  • galaxy.tools.errors module
  • galaxy.tools.evaluation module
  • galaxy.tools.exception_handling module
  • galaxy.tools.execute module
  • galaxy.tools.recommendations module
  • galaxy.tools.remote_tool_eval module
  • galaxy.tools.repositories module
  • galaxy.tools.special_tools module
  • galaxy.tools.test module
  • galaxy.tools.wrappers module
• galaxy.tours package
  • Submodules
  • galaxy.tours.validate module
• galaxy.util package
  • Subpackages
    • galaxy.util.custom_logging package
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