galaxy.datatypes package

Subpackages

• galaxy.datatypes.converters package
  • Submodules
  • galaxy.datatypes.converters.bed_to_gff_converter module
  • galaxy.datatypes.converters.bgzip module
  • galaxy.datatypes.converters.cram_to_bam module
  • galaxy.datatypes.converters.fasta_to_len module
    • compute_fasta_length()
  • galaxy.datatypes.converters.fasta_to_tabular_converter module
  • galaxy.datatypes.converters.fastq_to_fqtoc module
  • galaxy.datatypes.converters.fastqsolexa_to_fasta_converter module
    • stop_err()
  • galaxy.datatypes.converters.fastqsolexa_to_qual_converter module
    • stop_err()
  • galaxy.datatypes.converters.gff_to_bed_converter module
  • galaxy.datatypes.converters.gff_to_interval_index_converter module
  • galaxy.datatypes.converters.interval_to_bed_converter module
  • galaxy.datatypes.converters.interval_to_bedstrict_converter module
  • galaxy.datatypes.converters.interval_to_fli module
  • galaxy.datatypes.converters.interval_to_interval_index_converter module
  • galaxy.datatypes.converters.interval_to_tabix_converter module
  • galaxy.datatypes.converters.lped_to_fped_converter module
    • timenow()
    • rgConv()
    • main()
  • galaxy.datatypes.converters.lped_to_pbed_converter module
    • timenow()
    • getMissval()
    • rgConv()
    • main()
  • galaxy.datatypes.converters.maf_to_fasta_converter module
  • galaxy.datatypes.converters.maf_to_interval_converter module
  • galaxy.datatypes.converters.parquet_to_csv_converter module
  • galaxy.datatypes.converters.pbed_ldreduced_converter module
    • timenow()
    • pruneLD()
    • makeLDreduced()
    • main()
  • galaxy.datatypes.converters.pbed_to_lped_converter module
    • timenow()
    • rgConv()
    • main()
  • galaxy.datatypes.converters.picard_interval_list_to_bed6_converter module
  • galaxy.datatypes.converters.pileup_to_interval_index_converter module
  • galaxy.datatypes.converters.ref_to_seq_taxonomy_converter module
  • galaxy.datatypes.converters.tabular_csv module
    • main()
    • convert_to_tsv()
    • convert_to_csv()
  • galaxy.datatypes.converters.tabular_to_dbnsfp module
  • galaxy.datatypes.converters.vcf_to_interval_index_converter module
  • galaxy.datatypes.converters.vcf_to_vcf_bgzip module
  • galaxy.datatypes.converters.wiggle_to_simple_converter module
• galaxy.datatypes.dataproviders package
  • Submodules
  • galaxy.datatypes.dataproviders.base module
    • HasSettings
    • DataProvider
      • DataProvider.settings
      • DataProvider.__init__()
      • DataProvider.validate_source()
      • DataProvider.truncate()
      • DataProvider.write()
      • DataProvider.writelines()
      • DataProvider.readlines()
    • FilteredDataProvider
      • FilteredDataProvider.__init__()
      • FilteredDataProvider.filter()
      • FilteredDataProvider.settings
    • LimitedOffsetDataProvider
      • LimitedOffsetDataProvider.settings
      • LimitedOffsetDataProvider.__init__()
    • MultiSourceDataProvider
      • MultiSourceDataProvider.__init__()
      • MultiSourceDataProvider.settings
  • galaxy.datatypes.dataproviders.chunk module
    • ChunkDataProvider
      • ChunkDataProvider.MAX_CHUNK_SIZE
      • ChunkDataProvider.DEFAULT_CHUNK_SIZE
      • ChunkDataProvider.settings
      • ChunkDataProvider.__init__()
      • ChunkDataProvider.validate_source()
      • ChunkDataProvider.encode()
    • Base64ChunkDataProvider
      • Base64ChunkDataProvider.encode()
      • Base64ChunkDataProvider.settings
  • galaxy.datatypes.dataproviders.column module
    • ColumnarDataProvider
      • ColumnarDataProvider.settings
      • ColumnarDataProvider.__init__()
      • ColumnarDataProvider.parse_filter()
      • ColumnarDataProvider.create_numeric_filter()
      • ColumnarDataProvider.create_string_filter()
      • ColumnarDataProvider.create_list_filter()
      • ColumnarDataProvider.get_default_parsers()
      • ColumnarDataProvider.filter()
      • ColumnarDataProvider.parse_columns_from_line()
      • ColumnarDataProvider.parse_column_at_index()
      • ColumnarDataProvider.parse_value()
      • ColumnarDataProvider.get_column_type()
      • ColumnarDataProvider.filter_by_columns()
    • DictDataProvider
      • DictDataProvider.settings
      • DictDataProvider.__init__()
  • galaxy.datatypes.dataproviders.dataset module
  • galaxy.datatypes.dataproviders.decorators module
  • galaxy.datatypes.dataproviders.exceptions module
    • InvalidDataProviderSource
      • InvalidDataProviderSource.__init__()
    • NoProviderAvailable
      • NoProviderAvailable.__init__()
  • galaxy.datatypes.dataproviders.external module
  • galaxy.datatypes.dataproviders.hierarchy module
  • galaxy.datatypes.dataproviders.line module
    • FilteredLineDataProvider
      • FilteredLineDataProvider.DEFAULT_COMMENT_CHAR
      • FilteredLineDataProvider.settings
      • FilteredLineDataProvider.__init__()
      • FilteredLineDataProvider.filter()
    • RegexLineDataProvider
      • RegexLineDataProvider.settings
      • RegexLineDataProvider.__init__()
      • RegexLineDataProvider.filter()
      • RegexLineDataProvider.filter_by_regex()
    • BlockDataProvider
      • BlockDataProvider.__init__()
      • BlockDataProvider.init_new_block()
      • BlockDataProvider.filter()
      • BlockDataProvider.is_new_block()
      • BlockDataProvider.add_line_to_block()
      • BlockDataProvider.assemble_current_block()
      • BlockDataProvider.filter_block()
      • BlockDataProvider.handle_last_block()
      • BlockDataProvider.settings
• galaxy.datatypes.display_applications package
  • Submodules
  • galaxy.datatypes.display_applications.application module
  • galaxy.datatypes.display_applications.parameters module
  • galaxy.datatypes.display_applications.util module
• galaxy.datatypes.util package
  • Submodules
  • galaxy.datatypes.util.generic_util module
  • galaxy.datatypes.util.gff_util module
  • galaxy.datatypes.util.maf_utilities module

Submodules

galaxy.datatypes.annotation module

galaxy.datatypes.anvio module

galaxy.datatypes.assembly module

galaxy.datatypes.binary module

galaxy.datatypes.blast module

galaxy.datatypes.checkers module

galaxy.datatypes.chrominfo module

galaxy.datatypes.constructive_solid_geometry module

galaxy.datatypes.coverage module

galaxy.datatypes.data module

galaxy.datatypes.flow module

galaxy.datatypes.genetics module

galaxy.datatypes.gis module

galaxy.datatypes.goldenpath module

galaxy.datatypes.graph module

galaxy.datatypes.hdf5 module

galaxy.datatypes.images module

galaxy.datatypes.interval module

galaxy.datatypes.isa module

galaxy.datatypes.media module

galaxy.datatypes.metacyto module

galaxy.datatypes.metadata module

galaxy.datatypes.microarrays module

galaxy.datatypes.molecules module

galaxy.datatypes.mothur module

galaxy.datatypes.msa module

galaxy.datatypes.neo4j module

galaxy.datatypes.ngsindex module

galaxy.datatypes.phylip module

galaxy.datatypes.plant_tribes module

galaxy.datatypes.proteomics module

galaxy.datatypes.qiime2 module

galaxy.datatypes.qualityscore module

galaxy.datatypes.registry module

galaxy.datatypes.sequence module

galaxy.datatypes.sniff module

galaxy.datatypes.spaln module

galaxy.datatypes.speech module

galaxy.datatypes.tabular module

galaxy.datatypes.text module

galaxy.datatypes.tracks module

galaxy.datatypes.triples module

galaxy.datatypes.upload_util module

galaxy.datatypes.xml module